Zyrtari Kombëtar Autorizues (ZKA), ka përgjegjësinë e përgjithshme për ngritjen dhe funksionimin e sistemit të menaxhimit dhe kontrollit, menaxhimin financiar të asistencës dhe për ligjshmërinë dhe rregullsinë e shpenzimeve të IPA-s. ZKA-ja ngre struktura menaxhuese që konsiston nga Zyra Mbështetëse e ZKA-së dhe Organi Kontabël; Zyra Mbështetëse e ZKA-së dhe Organi Kontabël bashkëpunojnë me qëllim që të garantojnë përputhshmërinë, integritetin, efektivitetin dhe efikasitetin e menaxhimit, si edhe të sistemit të kontrollit dhe menaxhimit financiar të ngritur për zbatimin e asistencës IPA.